故事主要讲述了两个不同的故事线索。一方面，木叶忍者村的人柱力漩涡鸣人突然获得了自己未来11年的记忆，并声称看到了未来。这一事件引起了村中高层的关注，包括自来也、第三代火影以及奈良鹿久等人都参与了调查。通过鸣人的记忆，他们了解到未来将发生的一系列重大事件，包括大蛇丸的阴谋及第三代火影的牺牲等。

另一方面，故事还描绘了一场激烈的战斗场景，其中青年时期的宇智波佐助与一名叫做宇智波申的神秘人物及其同伴交战。在战斗中，佐助展现了他强大的实力和独特的瞳术能力。最终，鸣人和佐助的妻子宇智波樱及时赶到，协助制服了敌人。战斗结束后，众人准备审问被抓捕的宇智波申，以了解更多的秘密。

这两个故事线共同构建了一个充满悬疑与动作的忍者世界，同时也预示着即将到来的重大变革。